Мне подкинули новый аргумент: оказывается, распространение требований ФЗ "О лицензировании..." и подзаконных актов на программное обеспечение намертво конфликтует с ФЗ "Об авторском праве..." и ФЗ "О правовой охране...", поскольку последние резервируют право определять, кто может использовать/распространять/публиковать программы, как исключительное право автора или другого правообладателя.
Соответственно, попытка любого ведомства ограничить использование ПО является прямой узурпацией исключительных прав (введением цензуры), которая незаконна и ничтожна с того момента, когда приняты соответствующие акты.
Есть хороший шанс отменить все это через ВС, а затем разорить ФАПСИ гражданскими исками.