"Отдельными видами деятельности, перечень которых определяется законом, юридическое лицо может заниматься только на основании специального разрешения (лицензии)".
Заметим тут же, что предыдущий абзац этой же статьи говорит немного о другом: "Коммерческие организации ... могут иметь гражданские права и нести гражданские обязанности, необходимые для осуществления любых видов деятельности, не запрещенных законом". Но, это к слову.
Ничего противоречащего не вижу: в первом случае речь идет о том что "...юридическое лицо может ЗАНИМАТЬСЯ...", а во втором "...могут ИМЕТЬ ГРАЖДАНСКИЕ ПРАВА и НЕСТИ ГРАЖДАНСКИЕ ОБЯЗАННОСТИ, необходимые для осуществления любых видов деятельности, не запрещенных законом..."
Одно другому не мешает - неси себе гражданские обязанности и имей права - пожалуйста - но если заниматься чем хочешь - получи лицензию - никто н запретит - имеешь полное гражданское право...